Hyperuniformity in amorphous speckle patterns

Hyperuniform structures possess the ability to confine and drive light, although their fabrication is extremely challenging. Here we demonstrate that speckle patters obtained by a superposition of randomly arranged sources of Bessel beams can be used to generate hyperunifrom scalar fields. By exploiting laser light tailored with a spatial filter, we experimentally produce (without requiring any computational power) a speckle pattern possessing maxima at locations corresponding to a hyperuniform distribution. By properly filtering out intensity fluctuation from the same speckle pattern, it is possible to retrieve an intensity profile satisfying the hyperuniformity requirements. Our findings are supported by extensive numerical simulations.Comment: 13 pages, 7 figure

Phase-Retrieved Tomography enables imaging of a Tumor Spheroid in Mesoscopy Regime

Optical tomographic imaging of biological specimen bases its reliability on the combination of both accurate experimental measures and advanced computational techniques. In general, due to high scattering and absorption in most of the tissues, multi view geometries are required to reduce diffuse halo and blurring in the reconstructions. Scanning processes are used to acquire the data but they inevitably introduces perturbation, negating the assumption of aligned measures. Here we propose an innovative, registration free, imaging protocol implemented to image a human tumor spheroid at mesoscopic regime. The technique relies on the calculation of autocorrelation sinogram and object autocorrelation, finalizing the tomographic reconstruction via a three dimensional Gerchberg Saxton algorithm that retrieves the missing phase information. Our method is conceptually simple and focuses on single image acquisition, regardless of the specimen position in the camera plane. We demonstrate increased deep resolution abilities, not achievable with the current approaches, rendering the data alignment process obsolete.Comment: 21 pages, 5 figure

Noninvasive optical estimation of CSF thickness for brain-atrophy monitoring

Dementia disorders are increasingly becoming sources of a broad range of problems, strongly interfering with normal daily tasks of a growing number of individuals. Such neurodegenerative diseases are often accompanied with progressive brain atrophy that, at late stages, leads to drastically reduced brain dimensions. At the moment, this structural involution can be followed with XCT or MRI measurements that share numerous disadvantages in terms of usability, invasiveness and costs. In this work, we aim to retrieve information concerning the brain atrophy stage and its evolution, proposing a novel approach based on non-invasive time-resolved Near Infra-Red (tr-NIR) measurements. For this purpose, we created a set of human-head atlases, in which we eroded the brain as it would happen in a clinical brain-atrophy progression. With these realistic meshes, we reproduced a longitudinal tr-NIR study exploiting a Monte-Carlo photon propagation algorithm to model the varying cerebral spinal fluid (CSF). The study of the time-resolved reflectance curve at late photon arrival times exhibited peculiar slope-changes upon CSF layer increase that were confirmed under several measurement conditions. The performance of the technique suggests good sensitivity to CSF variation, useful for a fast and non-invasive observation of the dementia progression.Comment: 32 pages, double spaced, 11 figure

A Customized Light Sheet Microscope to Measure Spatio-Temporal Protein Dynamics in Small Model Organisms

We describe a customizable and cost-effective light sheet microscopy (LSM) platform for rapid three-dimensional imaging of protein dynamics in small model organisms. The system is designed for high acquisition speeds and enables extended time-lapse in vivo experiments when using fluorescently labeled specimens. We demonstrate the capability of the setup to monitor gene expression and protein localization during ageing and upon starvation stress in longitudinal studies in individual or small groups of adult Caenorhabditis elegans nematodes. The system is equipped to readily perform fluorescence recovery after photobleaching (FRAP), which allows monitoring protein recovery and distribution under low photobleaching conditions. Our imaging platform is designed to easily switch between light sheet microscopy and optical projection tomography (OPT) modalities. The setup permits monitoring of spatio-temporal expression and localization of ageing biomarkers of subcellular size and can be conveniently adapted to image a wide range of small model organisms and tissue samples.MR, GZ and AZ acknowledge funding from the Projects “Skin-DOCTor” Grant No. 1778 and “Neureka!” Grant No. LSF7-341 implemented under the "ARISTEIA" and "Supporting Postdoctoral Researchers" Actions respectively, of the "OPERATIONAL PROGRAMME EDUCATION AND LIFELONG LEARNING", (http://www.espa.gr/en/pages/staticOPEducationandLifelongLearning.aspx), which is co-funded by the European Social Fund and National Resources and from the EU Marie Curie Initial Training Network “OILTEBIA”, Grant No. PITNGA-2012-317526 (http://ec.europa.eu/research/mariecurieactions/, http://gdo.uc3m.es/oiltebia/index. php?option = com_content&view = frontpage). JR acknowledges support from EC FP7 CIG grant HIGHTHROUGHPUT TOMO PICIG12-GA-2012-333632, (http://cordis.europa.eu/projects/333632), and Spanish MINECO grant MESO-IMAGING FIS2013-41802-R, (https://sede.micinn.gob.es/). The funders had no role in study design, data collection and analysis, decision to publish, or preparation of the manuscript

Time-rezolved studies of light transport through highly scattering media: applications in optical characterization of tissue and light amplification

In this thesis the time resolved studies of light propagation through highly scattering media in two extreme cases are reported. The first case concerns media where the dominating process is multiple scattering with negligible absorption, with the second regime being media, which both scatter and amplify light. Light propagation is diffusive in both cases however a very interesting phenomenon takes place in the latter. In this extreme case light emanating from a random, highly disordered medium can have highly ordered (lasing) properties. This phenomenon namely random lasing has raised an enormous research interest. The final goal of the study was the investigation of the possible use of light transport through and the light emission from such media for the improvement of optical biopsy and imaging techniques. In the introductory part of the thesis the most common benign and malignant abnormalities occurring in the female breast as well as a synopsis of the present status on imaging techniques are given. Then an introduction is also made for the propagation of light through highly scattering amplifying media and the vast number of applications that the phenomenon of random lasing brings into play. After the introductory part the processes governing the interaction of light and matter are described theoretically and focused in the cases that are studied experimentally as well. Diffusive transport of light and lasing theory are the two key aspects in random amplifying media. The coherent properties of the light emitted from random lasers are also investigated. At the same time an overview of the current state of theory describing such media is presented to give a complete picture to the reader. For the time-resolved study of light propagation through turbid matter such as female breast tissue a mode-locked Ti:Sapphire laser emitting 200 fs pulses at 800 nm with an average power of ~1 W and a repetition rate of 82 MHz was used. The detection was performed with a streak camera with a temporal resolution of 2 ps. The tissue samples were excised from female breast during tumor extraction or biopsy operations and concerned normal adipose and fibrous tissue. The theoretical analysis of the temporal spread of the transmitted ultra-fast laser pulses provides the optical properties of the studied medium. Large samples can be studied based on the diffusion theory whereas small biopsy samples are studied based on the Laguerre expansion of the kernels technique. Recently cancer tissue was studied as well. Results are in complete agreement with the histological analysis and thus very promising for the implementation of these techniques in optical biopsy. As far as the scattering gain media is concerned different types of laser systems were used depending on the excitation scheme combined with the same workstation employing a spectrograph - streak camera system for the simultaneous detection of both spectral and temporal information. The temporal resolution is 2 ps and the spectral resolution 1 nm. For one-photon excitation of random lasing materials a Lambda Physik distributed feedback dye laser (DFDL) emitting 500 fs pulses at 496 nm with output energy of 50 μJ pumped by a XeCl excimer laser emitting at 308 nm was used. For two-photon excitation the regeneratively amplified output of the mode-locked Ti:Sapphire laser system emitting 200 fsec pulses at 800 nm with a repetition rate of 1 KHz and an average power of 500 mW was used. The samples were prepared by mixing different lasing dyes with TiO2 microparticles with average diameter of 400 nm in liquid or solid matrices thus providing multiple scattering and gain. As mentioned above light emanating from such media has the temporal and spectral properties of laser light. Pulses of few picoseconds long and few nanometers wide (down to the detection limits of the system) have been detected when the samples were excited above a well-determined energy threshold. This optical explosion provides a beacon like light source, which could be very valuable for detection modalities. Especially the excitation with two near-infrared photons consequently and most importantly provides the necessary penetration inside the strongly scattering media, as well as negligible photobleaching and phototoxication of tissue due to the low energy of the photons. The non-linearity insures that the effect will be confined only on the focal region, thus improving the spatial resolution by minimizing the out of focus fluorescence. The coherent properties of the laser-like emission were studied using the frequency doubled output of the above described laser system employing the regeneratively amplified output of the mode-locked Ti:Sapphire laser emitting at 800 nm. Single photon counting measurements were performed in order to obtain the photon count distributions of the emitted light. Coherent light is described by Poisson distribution whereas chaotic light by Bose-Einstein distribution. The experimental results suggested that depending on the scattering properties of the medium and on the excitation scheme, the emitted light comprised of different amounts of coherent and incoherent components since different modes are overlapping. Similar studies are underway when various fluorophores are embedded in biological tissues. The final goal is to take advantage of this effect towards a more spatially and spectrally confined agent in Photodynamic Therapy of target tissue lesions on skin or other types of superficial lesions. Very promising in the field of skin PDT would be thin patches with various fluophores, which could be applied directly on the lesion and allow the selection of different irradiation wavelengths using the same laser as excitation source. Some of the applications in addition to PDT are photonic marking for identification purposes (photonic codes, search and rescue missions, military applications, marking of hazardous material), substitution of ordinary lasing media in dye lasers and boosting the emission of LEDs and diode lasers in the blue region of the spectrum (if used with electro luminescent polymers). A lot of effort is also put in the study of dye infiltrated opal photonic crystals and the light emitted from such an ordered (crystal structure) and disordered (random photons’ path) structure.Στη διατριβή αυτή παρουσιάζονται χρονικά αναλυόμενες μελέτες της διάδοσης του φωτός μέσα από ισχυρά σκεδαστικά υλικά. Δύο είναι οι περιπτώσεις οι οποίες μελετώνται. Στην πρώτη η κυρίαρχη διαδικασία είναι η σκέδαση, με αμελητέα απορρόφηση, ενώ η δεύτερη αφορά σε υλικά τα οποία ταυτόχρονα σκεδάζουν και ενισχύουν το φώς. Η διάδοση του φωτός και στις δύο περιπτώσεις χαρακτηρίζεται από τη θεωρία διάχυσης. Παρόλα αυτά κάποια πολύ ενδιαφέροντα φαινόμενα συμβαίνουν στη δεύτερη. Το φως που εκπέμπεται από ένα ισχυρά σκεδαστικό μέσο μπορεί να έχει ιδιότητες που χαρακτηρίζουν το φως λέιζερ. Το φαινόμενο αυτό το οποίο ονομάζεται random laser έχει προκαλέσει μεγάλο ενδιαφέρον στην επιστημονική κοινότητα. Ο τελικός σκοπός της έρευνας είναι η μελέτη της πιθανής χρήσης της διάδοσης και της εκπομπής φωτός από τέτοια υλικά για την βελτίωση των τεχνικών οπτικής βιοψίας και απεικόνισης. Στο εισαγωγικό τμήμα της διατριβής παρουσιάζονται οι πιο κοινές καλοήθεις και κακοήθεις παθήσεις του γυναικείου μαστού, όπως και μια σύνοψη των τεχνικών απεικόνισης. Μετά γίνεται μια εισαγωγή για τη διάδοση του φωτός διαμέσου ισχυρά σκεδαστικών υλικών ενίσχυσης και το τεράστιο αριθμό εφαρμογών τους. Στη συνέχεια περιγράφονται θεωρητικά οι διαδικασίες που χαρακτηρίζουν τη αλληλεπίδραση του φωτός με την ύλη. Τα υλικά με ιδιότητες σκέδασης και ενίσχυσης χαρακτηρίζονται από τη θεωρία διάχυσης και τη θεωρία της ακτινοβολίας λέιζερ. Οι ιδιότητες συμφωνίας του φωτός που εκπέμπεται από τα random laser εξετάζονται επίσης και ταυτόχρονα δίνεται μια σύνοψη των σύγχρονων θεωριών. Για τη χρονικά αναλυόμενη μελέτη της διάδοσης του φωτός μέσα από σκεδαστικά υλικά όπως ο ιστός από γυναικείο μαστό, χρησιμοποιήθηκε ένα σύστημα λέιζερ Ti:Sapphire το οποίο εκπέμπει παλμούς με διάρκεια 200 fs στα 800 nm με μέση ισχύ ~1 W και με επαναληψιμότητα 82 MHz. Η ανίχνευση γίνεται με streak camera με χρονική διακριτική ικανότητα 2 ps. Τα δείγματα ιστού λαμβάνονταν από εγχειρήσεις αφαίρεσης όγκου και από εγχειρήσεις βιοψίας και αφορούσαν φυσιλογικό κιπώδη και ινώδη ιστό. Η θεωρητική ανάλυση της χρονικής διασποράς του διαδιδόμενου παλμού λέιζερ παρέχει τις οπτικές ιδιότητες του υπό εξέταση υλικού. Η μελέτη των δειγμάτων με μεγάλες διαστάσεις όπως είναι τα δείγματα βιοψίας στη μέθοδο της ανάλυσης των πολυονύμων Laguerre. Τελευταία κατέστη δυνατόν να μελετηθεί και καρκινικός ιστός για την ολοκλήρωση της μελέτης. Τα αποτελέσματα είναι σε πλήρη συμφωνία με τα αντίστοιχα από την ιστολογική ανάλυση και γι’ αυτό πολλά υποσχόμενα για την πιθανή χρήση της μεθόδου για οπτική βιοψία. Όσων αφορά στα υλικά με ιδιότητες σκέδασης και ενίσχυσης του φωτός, χρησιμοποιήθηκαν διαφορετικά συστήματα λέιζερ ανάλογα με τον επιλεγμένο τρόπο διέγερσης, σε συνδυασμό με την ίδια ανιχνευτική διάταξη, η οποία περιλαμβάνει ένα σύστημα φασματογράφου – streak camera για την ταυτόχρονη καταγραφή της φασματικής και της χρονικής πληροφορίας. Η χρονική διακριτική ικανότητα είναι 2 ps, ενώ η αντίστοιχη φασματική 1 nm. Για την διέγερση των υλικών με ένα φωτόνιο χρησιμοποιήθηκε ένα λέιζερ χρωστικών κατανεμημένης ανάδρασης (distributed feedback dye laser) το οποίο εκπέμπει παλμούς 500 fs στα 496 nm με ενέργεια 50 μJ, το οποίο αντλούνταν από ένα λέιζερ διεγερμένων διμερών XeCl στα 308 nm. Για τη διέγερση με δύο φωτόνια χρησιμοποιήθηκε η διάταξη ενίσχυσης της εξόδου του συστήματος λέιζερ Ti:Sapphire το οποίο εκπέμπει παλμούς 200 fs στα 800 nm με επαναληψιμότητα 1 KHz και μέση ισχύ 500 mW. Τα δείγματα παρασκευάστηκαν αναμιγνύοντας διάφορες χρωστικές με μικροσφαιρίδια TiO₂ διαστάσεων ~400 nm σε υγρά ή στερεά υποστρώματα, παρέχοντας έτσι τις απαραίτητες ιδιότητες σκέδασης και ενίσχυσης. Το φως που εκπέμπεται από τέτοια υλικά έχει τις χρονικές και φασματικές ιδιότητες της εκπομπής λέιζερ. Παλμοί με διάρκεια μερικών picosecond και πλάτους μερικών nanometers (στα διακριτικά όρια του ανιχνευτικού συστήματος) ανιχνεύονται όταν η ενέργεια διέγερσης των δειγμάτων είναι πάνω από ένα καλά καθορισμένο κατώφλι. Αυτή η οπτική έκρηξη παρέχει μια πηγή φωτός σαν φάρο, η οποία θα μπορούσε να βελτιώσει τις τεχνικές ανίχνευσης και απεικόνισης. Ειδικά η διέγερση με δύο φωτόνια υπέρυθρου μήκους κύματος παρέχι το απαραίτητο βάθος διείσδυσης μέσα σε ισχυρά σκεδαστικά υλικά, ενώ ταυτόχρονα ελαχιστοποιεί τη φωτοδιάσπαση και τη φωτοτοξικότητα του ιστού εξαιτίας της χαμηλής ενέργειας των φωτονίων. Η μη γραμμική συμπεριφορά εξασφαλίζει ότι το φαινόμενο περιορίζεται στην περιοχή εστίασης με αποτέλεσμα τη βελτίωση της χωρικής διακριτικής ικανότητας. Η πιθανή χρονική συμφωνία της εκπομπής λέιζερ μελετήθηκα χρησιμοποιώντας τη διάταξη ενίσχυσης της εξόδου του συστήματος λέιζερ Ti:Sapphire στα 800 nm αφού διπλασιαστεί η συχνότητά του. Στη συνέχεια πραγματοποιήθηκαν μετρήσεις single photon counting για τη δημιουργία των στατιστικών κατανομών οι οποίες χαρακτηρίζουν το εκπεμπόμενο φως. Το σύμφωνο φως υπακούει στη κατανομή Poisson ενώ το μη σύμφωνο φως υπακούει στην κατανομή Bose-Einstein. Τα πειραματικά δεδομένα υπέδειξαν ότι ανάλογα με τις ιδιότητες σκέδασης του υλικού και του τρόπου διέγερσης, το εκπεμπόμενο φως αποτελείται σε διαφορετικό βαθμό από σύμφωνες και μη σύμφωνες συνιστώσες. Παρόμοιες μελέτες πραγματοποιούνται όταν διάφορες φωτοχρωστικές ουσίες εμβαπτίζονται σε βιολογικό ιστό. Ο τελικός στόχος είναι η εκμετάλλευση του φαινομένου random laser για μια πιο εντοπισμένη χωρικά και φασματικά δράση στη φωτοδυναμική θεραπεία επιφανειακών αλλοιώσεων. Πολλά υποσχόμενη είναι η κατασκευή λεπτών γαζών με διάφορες χρωστικές, οι οποίες θα εφαρμόζονται απ’ ευθείας πάνω στην αλλοίωση και θα επιτρέπουν την επιλογή του κατάλληλου μήκους κύματος χρησιμοποιώντας την ίδια πηγή λέιζερ για διέγερση. Μερικές από τις άλλες εφαρμογές είναι το μαρκάρισμα για ανιχνευτικούς σκοπούς (φωτονικοί κώδικες, αποστολές διάδοσης, μαρκάρισμα επικίνδυνων υλικών), αντικατάσταση των κοινών ενεργών υλικών στα λέιζερ χρωστικών και η ώθηση της εκπομπής των LEDs και των διοδικών λέιζερ στην μπλε περιοχή του φάσματος (σε συνδυασμό με electro-luminescent πολυμερή). Μεγάλη προσπάθεια καταβάλλεται επίσης για τη μελέτη φωτονικών κρυστάλλων που εμπεριέχουν χρωστικές και του φωτός που εκπέμπεται από ένα υλικό που συνδυάζει την τάξη (κρυσταλλική δομή) με την αταξία (τυχαίες πορείες φωτονίων)

A Cost-Efficient Multiwavelength LED-Based System for Quantitative Photoacoustic Measurements

The unique ability of photoacoustic (PA) sensing to provide optical absorption information of biomolecules deep inside turbid tissues with high sensitivity has recently enabled the development of various novel diagnostic systems for biomedical applications. In many cases, PA setups can be bulky, complex, and costly, as they typically require the integration of expensive Q-switched nanosecond lasers, and also presents limited wavelength availability. This article presents a compact, cost-efficient, multiwavelength PA sensing system for quantitative measurements, by utilizing two high-power LED sources emitting at central wavelengths of 444 and 628 nm, respectively, and a single-element ultrasonic transducer at 3.5 MHz for signal detection. We investigate the performance of LEDs in pulsed mode and explore the dependence of PA responses on absorber’s concentration and applied energy fluence using tissue-mimicking phantoms demonstrating both optical absorption and scattering properties. Finally, we apply the developed system on the spectral unmixing of two absorbers contained at various relative concentrations in the phantoms, to provide accurate estimations with absolute deviations ranging between 0.4 and 12.3%. An upgraded version of the PA system may provide valuable in-vivo multiparametric measurements of important biomarkers, such as hemoglobin oxygenation, melanin concentration, local lipid content, and glucose levels